電脳仮想空間（ディメンション）内で、ガンプラを使用した様々なミッションを楽しめる最新ネットワークゲーム「ガンプラバトル・ネクサスオンライン（ＧＢＮ）」。中学生のミカミ・リクと親友のヒダカ・ユキオは同級生のヤシロ・モモカを巻き込んで、その広大な世界へと飛び込んだ。ＧＢＮ内の住人「ダイバー」となった彼らは、ガンプラに対する不思議な感性を持つ少女サラと出会い、彼女と共に行動することになるが......。
リクにとって憧れのチャンピオン「クジョウ・キョウヤ」を始めとした有名ダイバーの存在。複数のダイバーで構成された部隊システム「フォース」の結成。非公式ツール、ブレイクデカールを扱う「マスダイバー」達による妨害。多くの出会いと経験を経て、リク達はガンプラだけでなく、自らの冒険をもビルドしていく！