大学教授·大岛健藏(久松信美饰)在东京都内的巷子里被不明身份的人刺杀，警视厅搜查一课·十津川警官(高桥英树饰)和龟井刑警(高田纯次饰)则亲临现场。根据第一发现者，被害者是“十津川…”说完就断气了。大岛是有名的“线粒体学”第一人，但十津川却素不相识…。十津川一边困惑一边开始搜查，在现场附近的监控录像中发现了可疑男子的身影。
为了寻找线索，十津川等人询问了副教授早濑由美(黑谷友香饰)和支援研究的生物相关公司社长中园宏司(中村俊介饰)，得知了令人震惊的事实。监控录像中的男子，一定是两人的青梅竹马·赤池庄五郎(松尾谕饰)。由美、中园、赤池3人是北海道·新十津川町出身，3人发誓永远的友情，但由美和中园以大学升学为契机来到东京。据说只有赤池留在当地继承了农业。赤是认真地进行品种改良,因此详细大岛由美在农作物教授介绍了的,但大岛是品种改良的为了咨询经常来访赤为了整肃“不久的家伙”,他的努力“小学生的“自由研究水平和部落。大岛教授在临死前留下的话=“十津川”是指赤池吗?!?
之后，为了追寻逃往故乡的赤池的踪迹，十津川和龟井也前往新十津川町。可是，赤池竟然拿着猎枪闯入了街道事务所，把街道的资产家浦野典史(萤火虫雪次朗)等人作为人质关在那里。这时由美想阻止好友暴走，十津川为了保护她，把枪口对准了赤池…!赤池对对峙的十津川说:“撤销札沼线的废止!”赤池的真正用意是……!?紧接着，在遥远的东京，又发生了一起悲剧……!?